國立馬公高級中學

一層級：校長(最高)、秘書(承校長之命，綜理本校事務)；

二層級：教務處、學務處、實習處、圖書館、輔導室、總務處、人事室、主計室、校務會議、行政會議；

三層級：(各處室附屬單位如下)

• 教務處：註冊組、教學組、設備組、特教組、實驗研究組、各科教研會；
• 學務處：軍訓教官、生活輔導組、訓育組、體育組、衛生組、社團活動組；
• 實習處：實習組、技能檢定組、商業經營科、資料處理科、觀光事業科；
• 總務處：庶務組、文書組、出納組

四層級：導師。